Le Port autonome de Paris est un établissement public sous tutelle du Ministère de l'Ecologie, de l'Energie, du Développement durable et de la Mer.

La direction générale est assurée par un comité de 3 directeurs présidé par Alexis Rouque, son Directeur général. Tout en définissant et mettant en œuvre la politique de l'entreprise de promotion du transport fluvial de marchandises et de passagers afin de diminuer la pression du trafic routier en Ile-de-France, elle organise et supervise les missions des différents départements et agences.

Ports de Paris est organisé au plan territorial à partir de 4 agences portuaires. Leur  forte présence assure le développement, en Ile de France, des 70 ports publics et le soutien aux nombreux ports privés par un contact étroit avec les collectivités territoriales et les entreprises.
Des départements fonctionnels sont chargés du développement stratégique et de l'administration générale en appui aux agences portuaires.
Chacun des départements fonctionnels est coordonné par un membre de la direction générale.